Partie 1 terminée

tp_2_miso_mphf.py

@@ -54,12 +54,9 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
             collision = set()  # on replace les positions non-hachées en tant que set pour le hachage
 
     # Construction de la MPHF
-    mphf = []
     grand_tableau = []
     for tableau in tableaux:
         grand_tableau.extend(tableau)  # on ajoute tous les éléments de tous les tabeaux dans le tableau final, sans renvoyer de valeur
-    rangs = []
-    max_rang = 0
     count = 0
     list_h_pos = []
     for pos in range(len(grand_tableau)):
@@ -121,9 +118,9 @@ def get_hash_mphf(mphf, kmer):
     hashkmer = abs(hash(kmer))
     for hach in mphf:
         if hach[0] == hashkmer:
-            return hach[0]
+            return hashkmer
         else:
-            return "ça existe pô"
+            return "not in the table"
 
 
 def create_hash_table(set_kmer, n):
@@ -147,7 +144,13 @@ def create_hash_table(set_kmer, n):
     >>> all(kmer in tableau for kmer in set_kmer)
     True
     """
-    pass  # TODO modifier
+    mphf = construction_mphf(set_kmer, n)
+    liste = [0] * n
+    n = 0
+    for kmer in mphf:
+        liste[n] = kmer[0]
+        n += 1
+    return liste, mphf
     # créer la mphf pour les kmers
     # initialiser un tableau de taille n (une liste)
     # écrire les kmers aux adresses du tableau données par la mphf
@@ -166,20 +169,28 @@ def generer_kmers(n, k):
 
 
 def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
-    n_values = []
-    table_size = []
-    dict_size = []
-    k = 21
+    """
+    Crée un graphique de la taille de la table de hachage comparée à la taille d'un dictionnaire pour stocker jusqu'à n-max kmers
+    :param n_max: nombre maximum de kmers traités
+    :param fichier_sortie: chemin dans l'arborescence de fichiers pour récupérer le graphique
+    :return: outfile
+    """
+    n_values = []  # table pour les plots
+    table_size = []  # table pour la mphf
+    dict_size = []  # table pour le dictionnaire
+    k = 21  # taille des kmers générés
 
     for n in range(100, n_max, 1000):
-        set_kmer = generer_kmers(n, k)
-        tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n)
+        set_kmer = generer_kmers(n, k)  # génération de jusqu'à n_max kmers
+        tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n)  # création de la table de hachage
 
-        n_values.append(n)
+        n_values.append(n)  # valeurs de l'axe des abscisse
         table_size.append(sys.getsizeof(tableau) + sys.getsizeof(
-            mphf))  # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ?
+            mphf))  # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ? Car on a également besoin
+        # de garder en mémoire la mphf, à cause des collisions 
         dict_size.append(sys.getsizeof(set_kmer))
 
+    # création du plot
     plt.plot(n_values, table_size, label='Table avec MPHF')
     plt.plot(n_values, dict_size, label='Dict')
     plt.xlabel('n')
@@ -200,4 +211,9 @@ if __name__ == "__main__":
     print('mpfh')
     print(mphf)
     print('get')
-    print(get_hash_mphf(mphf, "prout"))
\ No newline at end of file
+    print(get_hash_mphf(mphf, "chenille"))
+    print("hash table")
+    n = len(mphf)
+    print(create_hash_table(set_kmer, n))
+    print("compare_taille")
+    print(compare_taille(10000, "/home/m1miso/pacome.riobe.etu/PycharmProjects/pythonProjectsdd2/sortie.png"))
\ No newline at end of file