From 6fc784b55e9d5f8851d0a428b112a8434f8b0d0b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Pacome Riobe <pacome.riobe.etu@univ-lille.fr>
Date: Thu, 27 Feb 2025 10:32:30 +0100
Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?Partie=201=20termin=C3=A9e?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
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tp_2_miso_mphf.py | 46 +++++++++++++++++++++++++++++++---------------
1 file changed, 31 insertions(+), 15 deletions(-)
diff --git a/tp_2_miso_mphf.py b/tp_2_miso_mphf.py
index 5503f71..65748c4 100644
--- a/tp_2_miso_mphf.py
+++ b/tp_2_miso_mphf.py
@@ -54,12 +54,9 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
collision = set() # on replace les positions non-hachées en tant que set pour le hachage
# Construction de la MPHF
- mphf = []
grand_tableau = []
for tableau in tableaux:
grand_tableau.extend(tableau) # on ajoute tous les éléments de tous les tabeaux dans le tableau final, sans renvoyer de valeur
- rangs = []
- max_rang = 0
count = 0
list_h_pos = []
for pos in range(len(grand_tableau)):
@@ -121,9 +118,9 @@ def get_hash_mphf(mphf, kmer):
hashkmer = abs(hash(kmer))
for hach in mphf:
if hach[0] == hashkmer:
- return hach[0]
+ return hashkmer
else:
- return "ça existe pô"
+ return "not in the table"
def create_hash_table(set_kmer, n):
@@ -147,7 +144,13 @@ def create_hash_table(set_kmer, n):
>>> all(kmer in tableau for kmer in set_kmer)
True
"""
- pass # TODO modifier
+ mphf = construction_mphf(set_kmer, n)
+ liste = [0] * n
+ n = 0
+ for kmer in mphf:
+ liste[n] = kmer[0]
+ n += 1
+ return liste, mphf
# créer la mphf pour les kmers
# initialiser un tableau de taille n (une liste)
# écrire les kmers aux adresses du tableau données par la mphf
@@ -166,20 +169,28 @@ def generer_kmers(n, k):
def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
- n_values = []
- table_size = []
- dict_size = []
- k = 21
+ """
+ Crée un graphique de la taille de la table de hachage comparée à la taille d'un dictionnaire pour stocker jusqu'à n-max kmers
+ :param n_max: nombre maximum de kmers traités
+ :param fichier_sortie: chemin dans l'arborescence de fichiers pour récupérer le graphique
+ :return: outfile
+ """
+ n_values = [] # table pour les plots
+ table_size = [] # table pour la mphf
+ dict_size = [] # table pour le dictionnaire
+ k = 21 # taille des kmers générés
for n in range(100, n_max, 1000):
- set_kmer = generer_kmers(n, k)
- tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n)
+ set_kmer = generer_kmers(n, k) # génération de jusqu'à n_max kmers
+ tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n) # création de la table de hachage
- n_values.append(n)
+ n_values.append(n) # valeurs de l'axe des abscisse
table_size.append(sys.getsizeof(tableau) + sys.getsizeof(
- mphf)) # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ?
+ mphf)) # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ? Car on a également besoin
+ # de garder en mémoire la mphf, à cause des collisions
dict_size.append(sys.getsizeof(set_kmer))
+ # création du plot
plt.plot(n_values, table_size, label='Table avec MPHF')
plt.plot(n_values, dict_size, label='Dict')
plt.xlabel('n')
@@ -200,4 +211,9 @@ if __name__ == "__main__":
print('mpfh')
print(mphf)
print('get')
- print(get_hash_mphf(mphf, "prout"))
\ No newline at end of file
+ print(get_hash_mphf(mphf, "chenille"))
+ print("hash table")
+ n = len(mphf)
+ print(create_hash_table(set_kmer, n))
+ print("compare_taille")
+ print(compare_taille(10000, "/home/m1miso/pacome.riobe.etu/PycharmProjects/pythonProjectsdd2/sortie.png"))
\ No newline at end of file
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