Busco fonctionne, nous avons les fichiers de résultat dans notre dossier créé...

Busco fonctionne, nous avons les fichiers de résultat dans notre dossier créé à cet effet. Maintenant que nous disposons du short_summary.specific.bacteria_odb10.busco_results nous pouvons en extraire les informations et modifier la fonction parse_busco. Youpi !

code dynamic

@@ -122,7 +122,7 @@ def run_busco(fasta_file, output_dir, busco_db="bacteria_odb10"):
         os.makedirs(output_dir)
 
     # Commande BUSCO
-    busco_command = [ "busco", "-i", fasta_file, "-l", busco_db, "-o", output_dir, "-m", "genome"]
+    busco_command = [ "busco", "-i", fasta_file, "-l", busco_db, "-o", output_dir, "-m", "genome", "-f"]
 
     # Exécuter la commande BUSCO
     subprocess.run(busco_command, check=True)