some changes in classes

main.py

@@ -17,7 +17,7 @@ label = "NC_007357.1 Influenza A virus (A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)) polymerase
 
 # Lectures des reads :
 reads = {}
-with gzip.open('SRR10971381_1.fastq.gz', 'rt') as fastq:
+with gzip.open('data/covid.gz', 'rt') as fastq:
 	counter = 0
 	for i, record in enumerate(SeqIO.parse(fastq, 'fastq'), start=1):
 		reads[i] = (str(record.seq))
@@ -35,34 +35,36 @@ genes_grippe = genes_grippe.ParseFasta() # ID long => garder l'entier en entier
 #genome="BGAABCGHJ"
 
 
+# Genome
+## - genome
+## + create_suffix_table()
+## + search_suffix()
+## + get_suffix()
 
+# Reads
+## + 
+## + split_k_mers(k)
+## 
 
-# découpe le genome en n kmers de taille k
-def split_kmers(genome, k):
-    i = 0
-    res = []
-
-    # chaque k lettres, découper un nouveau mot et le placer dans la liste des kmers
-    for i in range(0, len(genome), k):
-        res.append(genome[i:i+k])
-
-    # si le kmer de fin est trop petit le retirer
-    if len(res[len(res)-1]) < k:
-        res.pop()
-
-    return res
+class Genome:
+	def __init__(self, seq):
+		self.__seq = seq
+		self.__suffix_table = self.__create_suffix_table(self)
 
 	# crée la table des indices des suffixes triés
-def create_suffix_table(genome):
+	def __create_suffix_table(self):
 		# génère indices de 0 à la taille du génome
-    indices = [i for i in range(len(genome))]
-    return sorted(indices, key=get_suffix)
+		indices = [i for i in range(len(self.__seq))]
+		return sorted(indices, key=self.__get_suffix)
 
-# obtenir le suffixe à la position i
-def get_suffix(i):
-    return gene_grippe[i:]
+	# obtenir le suffixe à la position i - pour trier correctement
+	def __get_suffix(self, i):
+		return self.__seq[i:]
 
-def search_suffix(genome, suffix_table, kmer, i1, i2):
+	def search_indice(self, seq_to_search):
+		return self.__search_suffix(seq_to_search, 0, len(self.__seq))
+
+	def __search_suffix(self, seq_to_search, i1, i2):
 		# kmer non trouvé
 		if i2 - i1 < 1:
 			return -1
@@ -70,21 +72,84 @@ def search_suffix(genome, suffix_table, kmer, i1, i2):
 		m = (i1 + i2) // 2
 
 		# si le kmer est trouvé au début du suffixe, renvoyer la position
-    if genome[suffix_table[m]:].startswith(kmer):
-        return suffix_table[m]
+		if self.__seq[self.__suffix_table[m]:].startswith(seq_to_search):
+			return self.__suffix_table[m]
 		# si le kmer est plus grand que le suffixe du milieu, parcourir la droite du tableau des suffixes
-    if kmer > genome[suffix_table[m]:]:
-        return search_suffix(genome, suffix_table, kmer, m+1, i2)
+		if seq_to_search > self.__seq[self.__suffix_table[m]:]:
+			return self.__search_suffix(self.__seq, self.__suffix_table, seq_to_search, m+1, i2)
 		# s'il est plus petit, parcourir la gauche
 		else:
-        return search_suffix(genome, suffix_table, kmer, i1, m)
+			return self.__search_suffix(self.__seq, self.__suffix_table, seq_to_search, i1, m)
+
+# découpe le genome en n kmers de taille k
+# def split_kmers(genome, k):
+# 	i = 0
+# 	res = []
+
+# 	# chaque k lettres, découper un nouveau mot et le placer dans la liste des kmers
+# 	for i in range(0, len(genome), k):
+# 		res.append(genome[i:i+k])
+
+# 	# si le kmer de fin est trop petit le retirer
+# 	if len(res[len(res)-1]) < k:
+# 		res.pop()
+
+# 	return res
+
+# crée la table des indices des suffixes triés
+# def create_suffix_table(genome):
+#	génère indices de 0 à la taille du génome
+	# indices = [i for i in range(len(genome))]
+	# return sorted(indices, key=get_suffix)
+
+# obtenir le suffixe à la position i
+# def get_suffix(i):
+# 	return gene_grippe[i:]
+
+# def search_suffix(genome, kmer, i1, i2):
+# 	# kmer non trouvé
+# 	if i2 - i1 < 1:
+# 		return -1
+
+# 	m = (i1 + i2) // 2
+
+# 	# si le kmer est trouvé au début du suffixe, renvoyer la position
+# 	if genome[suffix_table[m]:].startswith(kmer):
+# 		return suffix_table[m]
+# 	# si le kmer est plus grand que le suffixe du milieu, parcourir la droite du tableau des suffixes
+# 	if kmer > genome[suffix_table[m]:]:
+# 		return search_suffix(genome, suffix_table, kmer, m+1, i2)
+# 	# s'il est plus petit, parcourir la gauche
+# 	else:
+# 		return search_suffix(genome, suffix_table, kmer, i1, m)
+
+class Read:
+	def __init__(self, seq):
+		self.__seq = seq
+
+	def split_into_kmers(self, k):
+		i = 0
+		res = []
+
+		# chaque k lettres, découper un nouveau mot et le placer dans la liste des kmers
+		for i in range(0, len(self.__seq), k):
+			res.append(self.__seq[i:i + k])
+
+		# si le kmer de fin est trop petit le retirer
+		if len(res[len(res) - 1]) < k:
+			res.pop()
+
+		return res
+
+
 
 #print(split_kmers(reads[1], 10))
 for read in reads.values():
-    kmers = split_kmers(read, 11)
+	r = Read(read)
+	kmers = r.split_kmers(11)
 
 	for gene_grippe in genes_grippe.values():   
-        suffix_table = create_suffix_table(gene_grippe)
+		_suffix_table = create_suffix_table(gene_grippe)
 
 		for kmer in kmers:
 			pos = search_suffix(gene_grippe, suffix_table, kmer, 0, len(suffix_table))