Update tp_2_miso_mphf.py

tp_2_miso_mphf.py

@@ -41,39 +41,59 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
 			l = len(set_kmer_courant)
 			tableau_principal = [-1] * (gamma * l)
 			for kmer in set_kmer_courant:
-				pass # compléter
 				# hacher le k-mer (attention, hash() peut rendre des entiers signés, nous voulons des entiers positifs)
+				hachage = hash(kmer)
+				if hachage < 0:
+					hachage = -1 * hachage
 				# récupérer l'adresse
 				# si le tableau principal est déjà rempli à l'adresse:
 					# mettre le kmer dans collision()
-					#sinon, écrire le hash à l'adresse dans le tableau principal
-
+					# sinon, écrire le hash à l'adresse dans le tableau principal
+				adresse = hachage % (gamma*l)
+				if tableau_principal[adresse] != -1:
+					collision.add(kmer)
+				else:
+					tableau_principal[adresse] = hachage
 			tableaux.append(tableau_principal) # expliquer
+			# Chaque niveau de hachage produit un nouveau tableau de hachage.
+			# Donc on enregistre le tableau dans tableaux pour garder une trace des niveaux.
 			set_kmer_courant = collision.copy() # expliquer
+			# On hache à nouveau les k-mers qui ont causé des collisions.
 			collision = set() # expliquer
+			# On réinitialise collision pour le prochain niveau de hachage, pour pas que les valeurs dont on n'a plus besoin s'accumulent.
+
 
 	# Construction de la MPHF
 	mphf = [] 
 	grand_tableau = []
 	for tableau in tableaux:
 		grand_tableau.extend(tableau) # expliquer
+	# Après avoir fait tous les hachages, on regroupe les tableaux finaux de hachage dans un seul tableau.
 
 	rangs = []
 	max_rang = 0
 	i = 0
 	for kmer in set_kmer:
-		pass # compléter:
 		# hacher le kmer
+		hache = hash(kmer)
 		# si le hash est dans le grand_tableau
 			# récupérer son index
 			# récupérer son rang (utiliser la fonction count())
 			# ajouter à la mphf [h, rang]
 			# mettre à jour max_rang
+		if hache in grand_tableau :
+			index  = grand_tableau.index(hache)
+			rang = grand_tableau[:index].count(hache)
+			mphf.append([hache, rang])
+			if rang > max_rang :
+				max_rang = rang
 
 	for kmer in set_kmer_courant: #gestion des collisions: expliquer les 3 lignes du dessous
-		max_rang += 1
-		h = abs(hash(kmer))
-		mphf.append([h, max_rang])
+		max_rang += 1 # On attribue un nouveau rang unique à chaque élément en collision.
+		h = abs(hash(kmer)) # Recalcul du hash, on veut uniquement des entiers positifs.
+		mphf.append([h, max_rang])  # On ajoute le k-mer à mphf
+		# On fait ces étapes car les collisions n'ont pas pu être placées avant,
+		#  on leur attribue un rang plus grand pour ne pas perturber l'ordre précédent
 	
 	return mphf
 
@@ -98,7 +118,11 @@ def get_hash_mphf(mphf, kmer):
 	>>> 0 <= hash_mphf < n
 	True
 	"""
-	pass # TODO modifier
+	hache = abs(hash(kmer))
+	for h, rang in mphf :
+		if h == hache :
+			return rang
+
 
 def create_hash_table(set_kmer, n):
     """
@@ -121,13 +145,15 @@ def create_hash_table(set_kmer, n):
     >>> all(kmer in tableau for kmer in set_kmer)
     True
     """
-    pass # TODO modifier
-    # créer la mphf pour les kmers
+    mphf = construction_mphf(set_kmer, n)   # créer la mphf pour les kmers
     # initialiser un tableau de taille n (une liste)
+    tableau = [None]*n
     # écrire les kmers aux adresses du tableau données par la mphf
-    # retourner le tableau et la mphf
-
-
+    for kmer in set_kmer :
+        adresse = get_hash_mphf(mphf, kmer)
+        if 0 <= adresse < n:
+            tableau[adresse]=kmer
+    return tableau, mphf # retourner le tableau et la mphf
 
 
 def generer_kmers(n, k):
@@ -149,7 +175,7 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
 	
 	for n in range(100, n_max, 1000):
 		set_kmer = generer_kmers(n, k)
-		tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer,n)
+		tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n)
 
 		n_values.append(n)
 		table_size.append(sys.getsizeof(tableau)+sys.getsizeof(mphf)) # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ? 
@@ -166,4 +192,4 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
 	plt.close()
 
 # dé-commenter quand vous êtes prêts, expliquer les résultats
-#compare_taille(10000,"mphf.png")
+compare_taille(10000,"mphf.png")