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Commit cc6b19b5 authored by Samuel Nguyen's avatar Samuel Nguyen
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Partie 2 finie. A retravailler

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tp_2_miso_dict.py
\ No newline at end of file
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project version="4"> <project version="4">
<component name="ProjectRootManager" version="2" project-jdk-name="Python 3.10" project-jdk-type="Python SDK" /> <component name="Black">
<option name="sdkName" value="Python 3.12" />
</component>
<component name="ProjectRootManager" version="2" project-jdk-name="Python 3.12" project-jdk-type="Python SDK" />
</project> </project>
\ No newline at end of file
...@@ -2,7 +2,7 @@ ...@@ -2,7 +2,7 @@
<module type="PYTHON_MODULE" version="4"> <module type="PYTHON_MODULE" version="4">
<component name="NewModuleRootManager"> <component name="NewModuleRootManager">
<content url="file://$MODULE_DIR$" /> <content url="file://$MODULE_DIR$" />
<orderEntry type="inheritedJdk" /> <orderEntry type="jdk" jdkName="Python 3.12" jdkType="Python SDK" />
<orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" /> <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
</component> </component>
<component name="PyDocumentationSettings"> <component name="PyDocumentationSettings">
......
...@@ -2,6 +2,7 @@ import matplotlib.pyplot as plt ...@@ -2,6 +2,7 @@ import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np import numpy as np
import time import time
import sys import sys
import statistics #pour faire la moyenne des temps d'insertion pour chaque facteur de charge
...@@ -21,13 +22,38 @@ def experiment_load_factor(load_factors : list): ...@@ -21,13 +22,38 @@ def experiment_load_factor(load_factors : list):
Les nombres de réallocations de mémoire Les nombres de réallocations de mémoire
Les tailles de mémoire occupée par le dictionnaire pour chaque facteur de charge Les tailles de mémoire occupée par le dictionnaire pour chaque facteur de charge
""" """
# Initialisation
insertion_times = [] insertion_times = []
num_resizes = [] num_resizes = []
sizes = [] sizes = []
for factor in load_factors : for factor in load_factors :
dictio = {} dictio = {}
# num_elements = .......... QUESTION 2 PARTIE 2 num_resize=0
return [],[],[] last_size = sys.getsizeof(dictio)
num_elements = int(factor*100)
tempsecoules = []
for i in range(num_elements) :
cle = 'cle'+str(i)
start_time = time.time()
dictio[cle] = i
end_time = time.time()
tempsecoule = end_time - start_time
tempsecoules.append(tempsecoule)
current_size = sys.getsizeof(dictio)
if current_size > last_size :
num_resize += 1
last_size = current_size
size = sys.getsizeof(dictio)
insertion_time = statistics.mean(tempsecoules)
insertion_times.append(insertion_time)
num_resizes.append(num_resize)
sizes.append(size)
return insertion_times, num_resizes, sizes
def experiment_longest(): def experiment_longest():
""" """
...@@ -50,14 +76,32 @@ def visualisation(load_factors, insertion_times, num_resizes, sizes, frequencies ...@@ -50,14 +76,32 @@ def visualisation(load_factors, insertion_times, num_resizes, sizes, frequencies
""" """
Visualisation des résultats Visualisation des résultats
""" """
num_elements = []
for factor in load_factors :
num_elements.append(factor*100)
# Temps d'insertion en fonction du facteur de charge # Temps d'insertion en fonction du facteur de charge
plt.plot(load_factors, insertion_times)
plt.xlabel('Facteur de charge')
plt.xticks(load_factors, [str(x) for x in load_factors], rotation=45)
plt.ylabel("Temps d'insertion (secondes)")
plt.title("Temps d'insertion en fonction du facteur de charge")
plt.savefig("temps_d_insertion.png")
# Nombre de réallocations de mémoire en fonction du facteur de charge # Nombre de réallocations de mémoire en fonction du facteur de charge
plt.plot(load_factors, num_resizes)
plt.xlabel('Facteur de charge')
plt.xticks(load_factors, [str(x) for x in load_factors], rotation=45)
plt.ylabel("Nombre de réallocations de mémoire")
plt.title("Nombre de réallocations de mémoire en fonction du facteur de charge")
plt.savefig("nombre_reallocations.png")
# Taille de mémoire occupée en fonction du nombre d'éléments # Taille de mémoire occupée en fonction du nombre d'éléments
plt.plot(sizes, num_elements)
plt.xlabel("Nombre d'éléments")
plt.xticks(num_elements, [str(x) for x in num_elements], rotation=45)
plt.ylabel("Taille de mémoire occupée (octets)")
plt.title("Taille de mémoire occupée en fonction du nombre d'éléments")
plt.savefig("taille_memoire.png")
# Deuxième étude # Deuxième étude
f = list() f = list(frequencies)
plt.figure(figsize=(10, 6)) plt.figure(figsize=(10, 6))
plt.bar(range(len(f)), f) plt.bar(range(len(f)), f)
plt.xlabel('Temps d\'insertion (s)') plt.xlabel('Temps d\'insertion (s)')
...@@ -67,7 +111,7 @@ def visualisation(load_factors, insertion_times, num_resizes, sizes, frequencies ...@@ -67,7 +111,7 @@ def visualisation(load_factors, insertion_times, num_resizes, sizes, frequencies
xticks = np.logspace(-6, 1, 3) xticks = np.logspace(-6, 1, 3)
xtick_labels = [f'{x:.1e}' for x in xticks] xtick_labels = [f'{x:.1e}' for x in xticks]
plt.xticks(xticks, xtick_labels) plt.xticks(xticks, xtick_labels)
plt.savefig('histogramme.png') plt.savefig('deuxieme_etude.png')
load_factors = [0.01, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0] load_factors = [0.01, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0]
insertion_times, num_resizes, sizes = experiment_load_factor(load_factors) insertion_times, num_resizes, sizes = experiment_load_factor(load_factors)
......
...@@ -8,7 +8,6 @@ import random ...@@ -8,7 +8,6 @@ import random
###### PARTIE 1 ###### ###### PARTIE 1 ######
def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3): def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
""" """
Construit une fonction de hachage minimale parfaite (MPHF) pour un ensemble de k-mers. Construit une fonction de hachage minimale parfaite (MPHF) pour un ensemble de k-mers.
...@@ -95,7 +94,7 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3): ...@@ -95,7 +94,7 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
# On fait ces étapes car les collisions n'ont pas pu être placées avant, # On fait ces étapes car les collisions n'ont pas pu être placées avant,
# on leur attribue un rang plus grand pour ne pas perturber l'ordre précédent # on leur attribue un rang plus grand pour ne pas perturber l'ordre précédent
if not mphf: if not mphf:
print("⚠️ Attention : MPHF vide, vérifiez les données en entrée.") print("Attention : MPHF vide, vérifiez les données en entrée.")
return mphf return mphf
...@@ -184,7 +183,8 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie): ...@@ -184,7 +183,8 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n) tableau, mphf = create_hash_table(set_kmer, n)
n_values.append(n) n_values.append(n)
table_size.append(sys.getsizeof(tableau)+sys.getsizeof(mphf)) # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ? table_size.append(sys.getsizeof(tableau) + sys.getsizeof(
mphf)) # pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ?
# Car sys.getsizeof(tableau) ne mesure que la liste elle-même, pas les objets stockés dedans. # Car sys.getsizeof(tableau) ne mesure que la liste elle-même, pas les objets stockés dedans.
# On veut mesurer la mémoire totale du système de hachage, pas seulement la liste. # On veut mesurer la mémoire totale du système de hachage, pas seulement la liste.
dict_size.append(sys.getsizeof(set_kmer)) dict_size.append(sys.getsizeof(set_kmer))
...@@ -199,6 +199,7 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie): ...@@ -199,6 +199,7 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
plt.savefig(fichier_sortie) plt.savefig(fichier_sortie)
plt.close() plt.close()
# dé-commenter quand vous êtes prêts, expliquer les résultats # dé-commenter quand vous êtes prêts, expliquer les résultats
compare_taille(10000, "mphf.png") compare_taille(10000, "mphf.png")
......
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