Premier jet pour le parser et le tableau

Code

+import gffutils
+import pandas as pd
+import os
+
+def gff_a_html(gff_file, output_html):
+    """
+    Analyse un fichier GFF et génère un tableau HTML avec les informations des gènes extraites
+
+    Parameters:
+    - gff_file (str): chemin de ou est enregistré le fichier GFF
+    - output_html (str): chemin de ou on veux que le fichier HTML s'enregistre
+
+    Returns:
+    - rien mais enregistre un fichier HTML avec un tableau de donnée la ou on lui a demandé
+    """
+    # base de données temporaire du fichier 
+    db = gffutils.create_db(gff_file, dbfn=":memory:", force=True, keep_order=True, merge_strategy="create_unique", sort_attribute_values=True)
+            # memory : pour pas stocker sur disque (RAM)
+            #force = true : recrée base si elle existe déja
+            #merge_strategy="create_unique" : pour que les valeurs fusionnée reste unique
+            #sort_attribute_values=True : tri valeurs
+    data = []  # Liste stock infos
+
+    # éléments GFF
+    for feature in db.all_features(): #all_feature() est une methode des gffutils
+        entry = {
+            "Feature Type": feature.featuretype,
+            "ID": feature.id,
+            "Start": feature.start,
+            "End": feature.end,
+            "Strand": feature.strand,
+            "Locus ID": feature.attributes.get("locus_tag", ["N/A"])[0],
+            "Parent": feature.attributes.get("Parent", ["None"])[0],
+            "Gene Product": feature.attributes.get("product", ["Unknown"])[0],
+        }
+        data.append(entry)
+
+
+    # TABLEAU : 
+    df = pd.DataFrame(data, columns=["ID", "Start", "End", "Locus ID", "Gene Product"])
+
+    # fichier HTML
+    df.to_html(output_html, index=False)
+
+    print(f"HTML table generated: {output_html}")
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    gff_file = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/exemple.gff.py"
+    output_html = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/output.html"
+    print(gff_a_html(gff_file,output_html))
\ No newline at end of file