VCF non conforme
bonjour votre vcf de sortie n'est pas conforme :
- les éléments du champ #CHROM doivent être séparés par des tabulations (et non des espaces)
- le champ INFO n'a pas de 'S' et il doit y avoir un champ FILTER le précédent format correct : #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
- l'allelic ratio ne doit pas comporter de '/' (M/WT) format correct ##INFO=<ID=MWT,Number=.,Type=String,Description="Allelic ratio (MWT)">
D'autres non conformités (mais non bloquante):
- la ligne ##sample=<> ne doit pas comporter de <>
- la variable length n'est pas définie dans le header
- le Contig '13' n'est pas défini dans le head header
mais sinon merci pour votre travail !