debut BUSCO

Creation Fasta opérationnelle (car Busco fonctionne sur FASTA)
Creation d'un fichier Busco qui reste vide 
difficulté a installé BUSCO avec Conda dans le terminal (marche une fois sur deux) donc j'ai pas pu tester mon code Busco 

code dynamic

 from typing import Any
-
+import os
 import gffutils
 import pandas as pd
 import matplotlib.pyplot as plt
@@ -47,7 +47,7 @@ def fusions_stat(count, avg):
     return combined_df
 
 
-#LIEN
+#LIEN : marche pas il faut completer 
 def liens(feature):
     base_urls = {
         "gene": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/",
@@ -90,7 +90,63 @@ def extraire_attributs(db):
         attributs.update(feature.attributes.keys())
     return sorted(attributs)
 
-def gff_a_html(gff_file, output_html, output_plot="feature_distribution.png"):
+# FASTA :
+
+def creefasta(gff_file, fasta_output):
+    """
+
+    :param gff_file: le fichier gff
+    :param fasta_output: fasta
+    :return: un fichier avec notre sequence fasta
+    """
+    in_fasta_section = False
+    with open(gff_file, "r") as infile, open(fasta_output, "w") as outfile:
+        for line in infile:
+            if line.startswith("##FASTA"):
+                in_fasta_section = True
+                continue  # Skip the ##FASTA line itself
+            if in_fasta_section:
+                outfile.write(line)
+
+# BUSCO :
+def run_busco(fasta_file, output_dir, busco_db="bacteria_odb10"):
+    """
+    Exécute BUSCO sur un fichier FASTA et génère les résultats dans un dossier.
+    :param fasta_file: chemin vers le fichier FASTA du génome
+    :param output_dir: dossier où les résultats BUSCO seront enregistrés
+    :param busco_db: BDD BUSCO à utiliser 
+    """
+    # Créer le répertoire de sortie si nécessaire
+    if not os.path.exists(output_dir):
+        os.makedirs(output_dir)
+
+    # Commande BUSCO
+    busco_command = [ "busco", "-i", fasta_file, "-l", busco_db, "-o", output_dir, "-m", "genome"]
+
+    # Exécuter la commande BUSCO
+    subprocess.run(busco_command, check=True)
+    print(f"BUSCO completed successfully, results saved in {output_dir}")
+    #chemin vers le fichier de résumé BUSCO
+    return os.path.join(output_dir, "short_summary_busco.txt")
+
+def parse_busco(busco_file): #prend les stats BUSCO
+    """
+    PAS TEST
+    :param busco_file: le dossier busco 
+    :return: stat busco 
+    """
+    busco_stats = {}
+    with open(busco_file) as f:
+        for line in f:
+            if line.startswith("C"):  # Lignes contenant les résultats
+                columns = line.split()
+                category = columns[0]
+                count = columns[1]
+                busco_stats[category] = count
+
+    return busco_stats
+
+def gff_a_html(gff_file, output_html, chemindoss, output_plot="feature_distribution.png", busco_file=None):
     """
     Analyse un fichier GFF et génère un tableau HTML avec les informations des gènes extraites
     :param gff_file: chemin de ou est enregistré le fichier GFF
@@ -126,6 +182,43 @@ def gff_a_html(gff_file, output_html, output_plot="feature_distribution.png"):
 
     graphe(avg, output_plot)
 
+    #CREATION FASTA
+
+    fasta_file = f"{chemindoss}fastadugff.txt"
+    creefasta(gff_file, fasta_file)
+
+     # BUSCO
+
+    if busco_file: #on a fichier busco
+        busco_stats = parse_busco(busco_file)
+        busco_df = pd.DataFrame(busco_stats.items(), columns=["Category", "Count"])
+        busco_html = busco_df.to_html(index=False)
+
+    elif fasta_file: # Si le fichier BUSCO n'est pas fourni, on exécute BUSCO sur le fichier FASTA
+        output_busco = "busco_results"
+        run_busco(fasta_file, output_busco)
+        busco_file = f"{chemindoss}{output_busco}"
+        if busco_file:
+            busco_stats = parse_busco(busco_file)
+            busco_df = pd.DataFrame(busco_stats.items(), columns=["Category", "Count"])
+            busco_html = busco_df.to_html(index=False)
+
+    else: # Si pas busco et pas fasta
+        outputfasta = "fasta_results"
+        creefasta(gff_file, outputfasta)
+        fasta_file = f"{chemindoss}{outputfasta}.txt"
+
+        output_busco = "busco_results"
+        run_busco(fasta_file, output_busco)
+        busco_file = f"{chemindoss}{output_busco}" #a completer
+
+        if busco_file:
+            busco_stats = parse_busco(busco_file) #prend les fichier dans le dossier, mais comme actuellement pas de fichier dans doss j'ai pas les chemins
+            busco_df = pd.DataFrame(busco_stats.items(), columns=["Category", "Count"])
+            busco_html = busco_df.to_html(index=False)
+
+
+
     html_template = f"""
        <!DOCTYPE html>
        <html lang="en">
@@ -178,6 +271,9 @@ def gff_a_html(gff_file, output_html, output_plot="feature_distribution.png"):
 
            <h1>Distribution celon les longueurs</h1>
            <img src="{output_plot}" alt="Feature Distribution">
+
+           <h1>BUSCO Results</h1>
+           {busco_html}
        </body>
        </html>
        """
@@ -203,9 +299,10 @@ if __name__ == "__main__":
     #gff_file = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/wormbase_gff2_alt.txt"
     gff_file = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/PROKKA_REF_ONTillumina.gff"
     output_html = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/output.html"
+    debut = "/Users/claramoreno/PycharmProjects/PythonProjectPaster/"
 
         #chemin des fichiers :
     #gff_file =
     #output_html =
 
-    print(gff_a_html(gff_file,output_html))
\ No newline at end of file
+    print(gff_a_html(gff_file, output_html, debut))
\ No newline at end of file