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Commit b7ae085e authored by Sania Mekchiche's avatar Sania Mekchiche
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...@@ -34,8 +34,8 @@ On recommence avec une liste collision qui contient les éléments à traiter. ...@@ -34,8 +34,8 @@ On recommence avec une liste collision qui contient les éléments à traiter.
### Explication de grand_tableau.extend(tableau) ### Explication de grand_tableau.extend(tableau)
Nous avons des tableaux crée à chaque niveau pour contenir les résultats intermédiaire du hachage. Nous avons des tableaux crée à chaque niveau pour contenir les résultats intermédiaire du hachage.
Cette ligne permet d'ajouter tout les éléments stockée dans tableau dans seul grand_tableau. Ca sert à regrouper toute les tables intermédiaires dans un seul grand tableau. Cette ligne permet d'ajouter tout les éléments qui sont stockés dans 'tableau' dans seul grand_tableau.
On va pouvoir ainsi récupérer les indices des k-mers dans un seul tableau. On va ainsi pouvoir regrouper toute les tables intermédiaires dans un seul grand tableau et simplifier l'accès aux indices des k-mers.
### Explication de: ### Explication de:
for kmer in set_kmer_courant: for kmer in set_kmer_courant:
...@@ -43,16 +43,16 @@ max_rang += 1 ...@@ -43,16 +43,16 @@ max_rang += 1
h = abs(hash(kmer)) h = abs(hash(kmer))
mphf.append([h, max_rang]) mphf.append([h, max_rang])
Ce bloc permet de donner un rang aux k-mer qui sera donc unique pour les cas où par exemple des collisions persisterais après avoir terminé de diminuer la table. Ce bloc permet de donner un rang aux k-mers, celui sera donc unique pour les cas où des collisions persisterais à la fin.
On parcours tous les kmers et on leurs attribut un rang +1 par au precedent. On parcours tous les kmers et on leurs attribut un rang +1 par rapport au précédent.
On recupère le hash du k-mer puis on l'ajoute avec le rang à la MPHF On recupère le hash du k-mer puis on l'ajoute avec le rang à la MPHF
### Explication de pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ? ### Explication de pourquoi ici on ne mesure pas juste la taille en mémoire du tableau ?
table_size.append(sys.getsizeof(tableau) + sys.getsizeof(mphf)) table_size.append(sys.getsizeof(tableau) + sys.getsizeof(mphf))
Cette ligne permet de calculer la taille de tableau qui contient les k-mers placé à la position de leurs hash respectif Cette ligne permet de calculer la taille de tableau qui contient les k-mers placé à la position de leurs hash respectif et est
additioné à la taille de la mphf qui contient la fonction pour bien placer ces k-mers. additioné à la taille de la mphf qui contient la fonction pour bien placer ces k-mers.
Il nous faut donc pour avoir une bonne estimation de l'utilisation de la mémoire prendre le tableau et la mphf. Il nous faut pour avoir une bonne estimation de l'utilisation de la mémoire prendre le tableau et la mphf.
Nous pourrons ensuite comparer avec la taille des dictionnaire python. Nous pourrons ensuite comparer avec la taille des dictionnaire python.
Puis décommenter `compare_taille` à la fin et expliquer les résultats. Puis décommenter `compare_taille` à la fin et expliquer les résultats.
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