From 12b71e8731ac843ae0af3aea440d0f42f3273730 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Clara Moreno <clara.moreno.etu@univ-lille.fr>
Date: Tue, 1 Apr 2025 23:03:07 +0200
Subject: [PATCH] Liens fonctionne car xref = cog donc
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/cog/cog/... Renvoie dans l'html la
liste mais pas le liens directement. Donc quelques modifications a faire.
J'ai mis d'autres liens au cas ou on a un GFF qui a besoin de lien NCBI,
Uniprot ou Ensembl.
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
Ps : J'ai réussie a installé Busco, je l'avais deja fait j'ai repris l'ancien terminal. mais le code fonctionne pas vraiment. Pour tester les liens il faut mettre en commentaire les parties sur Busco
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code dynamic | 31 ++++++++++++++++---------------
1 file changed, 16 insertions(+), 15 deletions(-)
diff --git a/code dynamic b/code dynamic
index b900253..3748cd9 100644
--- a/code dynamic
+++ b/code dynamic
@@ -47,22 +47,23 @@ def fusions_stat(count, avg):
return combined_df
-#LIEN : marche pas il faut completer
def liens(feature):
- base_urls = {
- "gene": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/",
- "mRNA": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/",
- "CDS": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/",
- "exon": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/",
- "ncRNA": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/",
- "rRNA": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/",
- "tRNA": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/"
- }
- if feature.featuretype in base_urls:
- identifier = feature.attributes.get("ID", feature.attributes.get("db_xref", [None]))[0]
- if identifier:
- return f'<a href="{base_urls[feature.featuretype]}{identifier}" target="_blank">{identifier}</a>'
- return "N/A"
+ if 'db_xref' in feature.attributes:
+ db_xrefs = feature.attributes['db_xref']
+ liens = {}
+ for xref in db_xrefs:
+ db_name, db_id = xref.split(':')
+ if db_name == "NCBI":
+ liens['NCBI'] = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/{db_name}/{db_id}"
+ elif db_name == "UniProt":
+ liens['UniProt'] = f"https://www.uniprot.org/uniprot/{db_id}" #pas testé
+ elif db_name == "Ensembl":
+ liens['Ensembl'] = f"https://www.ensembl.org/id/{db_id}" #pas testé
+ elif db_name == "COG":
+ liens['COG'] = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/cog/cog/{db_id}"
+ return liens
+ else:
+ return "NA"
def graphe(stats, output_plot):
"""
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