From 713f9351faa1322306c2cf2e9fb858345625e812 Mon Sep 17 00:00:00 2001
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<ayat@Ordinateur-portable-de-Ayat.local>
Date: Thu, 13 Feb 2025 12:22:28 +0100
Subject: [PATCH] tp1 plus ou moins fini
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TP2_hachage/tp_2_miso_mphf.py | 82 ++++++++++++++++++-----------------
1 file changed, 42 insertions(+), 40 deletions(-)
diff --git a/TP2_hachage/tp_2_miso_mphf.py b/TP2_hachage/tp_2_miso_mphf.py
index ebc3d33..99b2ab5 100644
--- a/TP2_hachage/tp_2_miso_mphf.py
+++ b/TP2_hachage/tp_2_miso_mphf.py
@@ -41,34 +41,32 @@ def construction_mphf(set_kmer, n, gamma=2, nb_niveaux=3):
l = len(set_kmer_courant)
tableau_principal = [-1] * (gamma * l)
for kmer in set_kmer_courant:
- pass # compléter
- # hacher le k-mer (attention, hash() peut rendre des entiers signés, nous voulons des entiers positifs)
- # récupérer l'adresse
- # si le tableau principal est déjà rempli à l'adresse:
- # mettre le kmer dans collision()
- #sinon, écrire le hash à l'adresse dans le tableau principal
+ index = abs(hash(kmer)) % (gamma*l)
+ if tableau_principal[index]!= -1:
+ collision.add(kmer)
+ else :
+ tableau_principal[index] = index
tableaux.append(tableau_principal) # expliquer
set_kmer_courant = collision.copy() # expliquer
- collision = set() # expliquer
+ collision = set() # expliquer je pense que c'est pour éliminer les collisoin de même valeurs
# Construction de la MPHF
mphf = []
grand_tableau = []
for tableau in tableaux:
- grand_tableau.extend(tableau) # expliquer
+ grand_tableau.extend(tableau) # expliquer elle va ajouté toute les valeurs du tableau
rangs = []
max_rang = 0
i = 0
for kmer in set_kmer:
- pass # compléter:
- # hacher le kmer
- # si le hash est dans le grand_tableau
- # récupérer son index
- # récupérer son rang (utiliser la fonction count())
- # ajouter à la mphf [h, rang]
- # mettre à jour max_rang
+ hacher = abs(hash(kmer))
+ if hacher in grand_tableau :
+ index = grand_tableau.index(hacher)
+ rangs.append(grand_tableau[:index].count(hacher))
+ mphf.append([hacher, rangs[-1]])
+ max_rang = max(rangs)
for kmer in set_kmer_courant: #gestion des collisions: expliquer les 3 lignes du dessous
max_rang += 1
@@ -98,35 +96,39 @@ def get_hash_mphf(mphf, kmer):
>>> 0 <= hash_mphf < n
True
"""
- pass # TODO modifier
+ hacher = abs(hash(kmer))
+ for h, rang in mphf :
+ if h == hacher :
+ return rang
def create_hash_table(set_kmer, n):
- """
- Crée une table de hachage à partir d'un ensemble de k-mers et d'une mphf
-
- Parameters:
- set_kmer (set): Ensemble de k-mers.
- n (int): Taille de la table de hachage.
+ """
+ Crée une table de hachage à partir d'un ensemble de k-mers et d'une mphf
- Returns:
- list: Table de hachage créée à partir des k-mers
- mphf: la mphf
+ Parameters:
+ set_kmer (set): Ensemble de k-mers.
+ n (int): Taille de la table de hachage.
- Examples:
- >>> set_kmer = {'ATCG', 'TGCA', 'GCTA'}
- >>> n = 10
- >>> tableau = create_hash_table(set_kmer, n)
- >>> len(tableau) == n
- True
- >>> all(kmer in tableau for kmer in set_kmer)
- True
- """
- pass # TODO modifier
- # créer la mphf pour les kmers
- # initialiser un tableau de taille n (une liste)
- # écrire les kmers aux adresses du tableau données par la mphf
- # retourner le tableau et la mphf
+ Returns:
+ list: Table de hachage créée à partir des k-mers
+ mphf: la mphf
+ Examples:
+ >>> set_kmer = {'ATCG', 'TGCA', 'GCTA'}
+ >>> n = 10
+ >>> tableau = create_hash_table(set_kmer, n)
+ >>> len(tableau) == n
+ True
+ >>> all(kmer in tableau for kmer in set_kmer)
+ True
+ """
+ mphf = construction_mphf(set_kmer, n)
+ tableau = n*[None]
+ for i in set_kmer:
+ hacher = get_hash_mphf(mphf, i)
+ if hacher :
+ tableau[hacher] = i
+ return tableau, mphf
@@ -166,4 +168,4 @@ def compare_taille(n_max, fichier_sortie):
plt.close()
# dé-commenter quand vous êtes prêts, expliquer les résultats
-#compare_taille(10000,"mphf.png")
+compare_taille(10000,"mphf.png")
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